Die Mehrzahl der mikrobiologischen Versuchsobjekte benötigt Sauerstoff zur Atmung (aerobe Keime); bei ihrer Kultivierung muss daher dem Luftsauerstoff der Zutritt ermöglicht werden, während das Eindringen von Fremdkeimen verhindert werden muss.
Gefäße mit enger Öffnung werden zu diesem Zweck mit Cap-o-test Kappen (Kapsenbergkappen)- Aluminiumkappen oder Watte- bzw. Zellstoff- Stopfen verschlossen. In allen Fällen besteht noch die Möglichkeit zu einem Gasaustausch, die Luftströmung wird dabei so stark herabgesetzt, dass die in der Luft schwebenden Partikel sich absetzen oder an die Wände der kapillaren Räume adsorbieren. Wichtig für die Funktion der Stopfen ist, dass die Verschlüsse und der Hals des Gefäßes nicht feucht werden, da die Kapillarräume verstopfen würden und der Nachtransport von Sauerstoff reduziert und außerdem ein Durchtritt von Mikroorganismen von außen nach innen oder umgekehrt möglich wird. Dies führt zu einer Kontamination der Kultur oder (in umgekehrter Richtung) zu einer Verseuchung der Umgebung (gefährlich bei pathogenen Keimen).
Im Praktikum werden Stopfen aus synthetischer Watte oder Zellstoff gerollt und zum Verschließen der Erlenmeyerkolben benutzt. Hierzu muss ein ausreichend langes Stück zugeschnitten werden. Dann wird dieser Streifen der Länge nach zur Hälfte gefaltet und sorgfältig zusammengerollt; dabei rollt eine Hand und die andere zieht den Streifen straff. Der Stopfen muss fest gewickelt werden, so dass keine größeren Hohlräume entstehen, er soll aber noch formbar sein. Der Stopfen wird durch Probieren und Abschneiden überschüssigen Zellstoffes so dich gewickelt, dass er noch leicht vom Gefäß zu entfernen ist. Für einige EMK sind Fertigstopfen vorhanden, die zum Mehrfachgebrauch geeignet sind.
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