Bio-Linux 8

Bio-Linux liegt seit Juli 2014 in der Version 8 vor. Ab Januar 2015 war sie in der Revision 8.05.1 auf dem Server: http://distro.ibiblio.org/bio-linux/iso/

Bio-Linux ist eine Sammlung offener Tools der Bio-Informatik, ein MUSS für molekularbiologisch Interessierte. Die Distribution basiert auf dem Ubuntu 14.04 TLS also auf einer modernen Linux-Version mit garantierter Unterstützung für Sicherheitsupdates für mehrere Jahre.

Die britische NERC stellt diese Tool-Sammlung unter http://environmentalomics.org/bio-linux/ zur Verfügung.

BioLinScreen1Die Liste der eingebundenen Programme ist beeindruckend. EMBOSS, HMMER, SEQUIN und R seien hier nur als prominente Beispiele genannt. Die Einbindung dieser Software in die eigene Linux-Installation stellt eine echte Herausforderung dar. Auch hier hilft ein Blick auf die oben verlinkte Webseite, denn über Shell-Skripten gelingen Updates und Upgrades relativ einfach.

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Die Verwendung der Software unter Ubuntus Oberfläche Unity schreckt nicht weiter ab, wenn das ClassicMenu installiert ist. Im ClassicMenu finden sich die Tools unter den Menüpunkten „Bioinformatics“ und „Wissenschaft“.

BioLinScreen3Bio-Linux 8.05 lässt sich sowohl auf einem eigenen System, als auch als Dual-Boot-System oder ganz einfach als virtuelles Betriebssystem installieren. Für letztere Option bietet sich die VirtualBox an, denn für deren aktuelle Version gibt es auf ibiblio schon eine fertige Appliance. Nachteilig und störend an dieser Lösung können gelegentliche Probleme bei der Erkennung von zum Beispiel USB-Sticks sein, mit denen man die Früchte seiner Arbeit sichern möchte.

 

 

 

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