OpenCFU – Kolonien zählt man nicht mehr per Hand

Schon früher haben wir mit NICE des National Institut of Standards and Technology NIST auf diesen Seiten ein Programm vorgestellt, dass die Anzahl von Kolonien auf Bildern von z.B. bewachsenen Petrischalen kategorisieren und darstellen kann. Leider wurde NICE für die Windows32-Plattform geschrieben, erfordert die Installation eines alten MatLab-Rumpfes und wird nicht mehr gepflegt. Der Link auf der Webseite funktioniert nicht, sodass man gezielt suchen muss, um einen geeigneten Link für den Download der Dateien zu finden. Dieser verweist dann sogar auf eine Version aus 2012 statt 2010. Einblicke in den Quellcode gibt es nicht. Eine Installation auf z.B. dem RaspberryPi ist nicht möglich – aber seit 2013 gibt es OpenCFU.

OpenCFU ist ein C++ Programm zum Zählen von Bakterienkolonien und andere kreisförmigen Objekten. Es nutzt mit OpenCV eine freie Bibliothek zur Bildbearbeitung sowie GTKmm für die Bildbearbeitung. Weitere Informationen finden sich unter http://www.opencfu.sourceforge.net. Eine insbesondere auch technische Beschreibung liefert der in PLoS ONE publizierte Artikel. (http://tinyurl.com/o3bk24o).
Der obige Text wurde aus der englischsprachigen Beschreibung des auf GITHub verfügbaren Quellcodes ins Deutsche übersetzt. Getestet haben wir das Programm auf einer aktuellen Ubuntu 17.04-Umgebung, wie sie auch virtuell unter Windows zu installieren ist. Letzte Änderungen am Programmcode datieren Ende 2016. Das Programm wird also aktuell gepflegt.

Die Auswertung und Kategorisierung der Kolonien erfolgt kolonieindividuell nach RGB-Farbschema, Sättigung, Koloniedurchmesser …. Ausreißer können berücksichtigt / eliminiert werden.

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