Mibi-Skript kommt

Eine Menge Bilder und Videos sind im Kasten. Das Skript wird überarbeitet und steht zur Veröffentlichung an. Wie verfasst man eine PDF-Version mit eingebetteten Videos? Gar nicht. So wird aus einem Skript eine doppelte Aufgabe. Noch ist Zeit, speziellen Wünschen gegebenenfalls Rechnung zu tragen. Eine Mail an den im Impressum genannten Kontakt genügt.

Das Schaumproblem

Schaumbildung gibt es nicht nur bei Bioreaktoren in denen Pilze / Hefen oder Bakterien kultiviert werden. Auch der Fotobioreaktor mit Spirulina zeigt Schaumbildung nach Begasung.

Zum Problem wird Schaum, wenn er auf Sensoren trifft oder in die Abluft des Reaktors gelangt und dort letztlich für eine Blockade des hydrophoben Luftfilters sorgt. Ohne Belüftung aber geht die grüne Pracht den Weg alles Irdischen.

Schaum lässt sich durch unterschiedliche Maßnahmen bekämpfen. In manchen Fällen hilft Öl in anderen eine mechanische Abscheidung. Allen Alternativem gemein ist die Notwendigkeit der Schaumerkennung. Ein Schaumsensor war in keinem Sensorkit für den Arduino enthalten, also gilt es, einen Sensor zu entwickeln.

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OpenCFU Teil 2

OpenCFU, ein (quell)offenes Programm zum Zählen von Kolonien im Rahmen mikrobiologischer Untersuchungen, wurde auf diesen Seiten schon einmal als Anwendung zum Gebrauch unter Linux vorgestellt. Als Anwendung für Windows 7 kann man es hier in der Version 3.9  herunterladen. Ebenso gibt es hier Beispielbilder, wie sie in der Publikation in PLOS verwendet wurden zum Nachvollziehen der Leistungsfähigkeit des Programms. Das Programm bietet einige Features, die Aufhorchen lassen: Optional können können farblich sortiert gruppiert und zugeordnet werden; Eine Funktion erlaubt das automatische Eleminieren von Ausreißern. In beiden Fällen lassen sich die Optionen sanft anpassen.

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Arduino und der Bioreaktor

Biotechnik / Biologische Technik in einem Technik-Gymnasium – wie genial ist das denn?

Eine Klasse einesTechnik-Gymnasiums erkundete in vergangenen Wochen unterschiedliche Bauelemente, Sensoren und Aktoren mit Hilfe des Arduino. Ziel der (Vor-)arbeiten ist der Bau und Betrieb eines Fotobioreaktors. Als Zwischenstufe und wegen des deutlich schnelleren Stoffwechsels konstruierten die Schüler zunächst einen Vorläufer, mit dem sie die alkoholische Gärung von Hefe verfolgen wollen.

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OpenCFU – Kolonien zählt man nicht mehr per Hand

Schon früher haben wir mit NICE des National Institut of Standards and Technology NIST auf diesen Seiten ein Programm vorgestellt, dass die Anzahl von Kolonien auf Bildern von z.B. bewachsenen Petrischalen kategorisieren und darstellen kann. Leider wurde NICE für die Windows32-Plattform geschrieben, erfordert die Installation eines alten MatLab-Rumpfes und wird nicht mehr gepflegt. Der Link auf der Webseite funktioniert nicht, sodass man gezielt suchen muss, um einen geeigneten Link für den Download der Dateien zu finden. Dieser verweist dann sogar auf eine Version aus 2012 statt 2010. Einblicke in den Quellcode gibt es nicht. Eine Installation auf z.B. dem RaspberryPi ist nicht möglich – aber seit 2013 gibt es OpenCFU.

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