Das Schaumproblem

Schaumbildung gibt es nicht nur bei Bioreaktoren in denen Pilze / Hefen oder Bakterien kultiviert werden. Auch der Fotobioreaktor mit Spirulina zeigt Schaumbildung nach Begasung.

Zum Problem wird Schaum, wenn er auf Sensoren trifft oder in die Abluft des Reaktors gelangt und dort letztlich für eine Blockade des hydrophoben Luftfilters sorgt. Ohne Belüftung aber geht die grüne Pracht den Weg alles Irdischen.

Schaum lässt sich durch unterschiedliche Maßnahmen bekämpfen. In manchen Fällen hilft Öl in anderen eine mechanische Abscheidung. Allen Alternativem gemein ist die Notwendigkeit der Schaumerkennung. Ein Schaumsensor war in keinem Sensorkit für den Arduino enthalten, also gilt es, einen Sensor zu entwickeln.

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OpenCFU Teil 2

OpenCFU, ein (quell)offenes Programm zum Zählen von Kolonien im Rahmen mikrobiologischer Untersuchungen, wurde auf diesen Seiten schon einmal als Anwendung zum Gebrauch unter Linux vorgestellt. Als Anwendung für Windows 7 kann man es hier in der Version 3.9  herunterladen. Ebenso gibt es hier Beispielbilder, wie sie in der Publikation in PLOS verwendet wurden zum Nachvollziehen der Leistungsfähigkeit des Programms. Das Programm bietet einige Features, die Aufhorchen lassen: Optional können können farblich sortiert gruppiert und zugeordnet werden; Eine Funktion erlaubt das automatische Eleminieren von Ausreißern. In beiden Fällen lassen sich die Optionen sanft anpassen.

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Arduino und der Bioreaktor

Biotechnik / Biologische Technik in einem Technik-Gymnasium – wie genial ist das denn?

Eine Klasse einesTechnik-Gymnasiums erkundete in vergangenen Wochen unterschiedliche Bauelemente, Sensoren und Aktoren mit Hilfe des Arduino. Ziel der (Vor-)arbeiten ist der Bau und Betrieb eines Fotobioreaktors. Als Zwischenstufe und wegen des deutlich schnelleren Stoffwechsels konstruierten die Schüler zunächst einen Vorläufer, mit dem sie die alkoholische Gärung von Hefe verfolgen wollen.

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OpenCFU – Kolonien zählt man nicht mehr per Hand

Schon früher haben wir mit NICE des National Institut of Standards and Technology NIST auf diesen Seiten ein Programm vorgestellt, dass die Anzahl von Kolonien auf Bildern von z.B. bewachsenen Petrischalen kategorisieren und darstellen kann. Leider wurde NICE für die Windows32-Plattform geschrieben, erfordert die Installation eines alten MatLab-Rumpfes und wird nicht mehr gepflegt. Der Link auf der Webseite funktioniert nicht, sodass man gezielt suchen muss, um einen geeigneten Link für den Download der Dateien zu finden. Dieser verweist dann sogar auf eine Version aus 2012 statt 2010. Einblicke in den Quellcode gibt es nicht. Eine Installation auf z.B. dem RaspberryPi ist nicht möglich – aber seit 2013 gibt es OpenCFU.

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Mit der Genschere unterwegs

Auf 3Sat lief unter „Das Geheimis der Gene“ vom 7.4.bis 14.4.2016 eine Reihe von Beiträgen zur Verwendung der neuen CRISPR/Cas9-Technik und ihren möglichen Auswirkungen mit Blick auf die Pflanzenzucht und aber auch in der Medizin und im Makerspace. Bedauerlich schlicht zuweilen im Niveau vermitteln die Beiträge ein Gefühl zwischen Ablehung und Neugier, Makerspaceluft und eine Ahnung vom Weg in ein sehr langes irdisches Leben.

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Freies Buch über Chemie und Biologie von Nukleinsäuren

ATDBIO_BookAtdbio bietet die Synthese qualitativ hochwertiger Oligonucleotide und Oligoderivate für Wissenschaft und Forschung weltweit her. Zur Erläuterung ihres Angebotes hat die Firma Informationen in Form eines freien Buches und weiterer Infos im Internet zur Verfügung gestellt.

http://www.atdbio.com/nucleic-acids-book

http://www.atdbio.com/content/53/DNA-duplex-stability

Lassa, Ebola, Zika, AIDS – Wer hustet stirbt?

Aptamer_biotinDer nächste Ausbruch einer Seuche ist sicher. Wir wissen nur noch nicht wann und von welcher Seite Gefahr droht. Die Biologie und Biotechnik kennt eine Menge Möglichkeiten zum Schutz und zur Bekämpfung. Der Umgang mit hochinfektiösem Biomaterial ist darum unerlässlich. Nur Kompetenz und Forschung schützen vor Infektion oder helfen bei der Bekämpfung / Eindämmung von Infektionen. Die Abbildung stellt ein Aptamer gegen Biotin dar und ist aus der englischen Wikipedia entnommen. CC BY-SA 3.0

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Pflanzenzellkulturanleitung für Entwicklungsländer

Die internationale Atom- & Energieagentur stellt unter ihren Publikationen Bücher und Anleitungen zur Verfügung.

IAEA_BooksDas TECDOC-1384 beschreibt „Low cost options for tissue culture technology in developing countries“ damit liegt es inhaltlich fast auf der Linie von Makerspaces.

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Freie Gel-Analyse

Gel_Analyzer_DesktopDie Auswertung von Elektrophoresegelen kann sooo einfach sein!

Mit der freien Software GelAnalyzer2010, zu finden unter www.gelanalzer.com, benötigt man ein digitales Bild seines Gels in einem üblichen Datenformat, lädt es in das Programm und beginnt mit der Auswertung. Nach der Definition der Marker und des Start und Endpunktes braucht eigentlich nur noch die interessierende Spur markiert zu werden. Neben der Auswertung nach der Molekülgröße beherrscht das Programm auch die quantitative Auswertung.

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