OpenCFU Teil 2

OpenCFU, ein (quell)offenes Programm zum Zählen von Kolonien im Rahmen mikrobiologischer Untersuchungen, wurde auf diesen Seiten schon einmal als Anwendung zum Gebrauch unter Linux vorgestellt. Als Anwendung für Windows 7 kann man es hier in der Version 3.9  herunterladen. Ebenso gibt es hier Beispielbilder, wie sie in der Publikation in PLOS verwendet wurden zum Nachvollziehen der Leistungsfähigkeit des Programms. Das Programm bietet einige Features, die Aufhorchen lassen: Optional können können farblich sortiert gruppiert und zugeordnet werden; Eine Funktion erlaubt das automatische Eleminieren von Ausreißern. In beiden Fällen lassen sich die Optionen sanft anpassen.

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Arduino und der Bioreaktor

Biotechnik / Biologische Technik in einem Technik-Gymnasium – wie genial ist das denn?

Eine Klasse einesTechnik-Gymnasiums erkundete in vergangenen Wochen unterschiedliche Bauelemente, Sensoren und Aktoren mit Hilfe des Arduino. Ziel der (Vor-)arbeiten ist der Bau und Betrieb eines Fotobioreaktors. Als Zwischenstufe und wegen des deutlich schnelleren Stoffwechsels konstruierten die Schüler zunächst einen Vorläufer, mit dem sie die alkoholische Gärung von Hefe verfolgen wollen.

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2b || !2b

co2bDer Beitragstitel zitiert in der Übersetzung für Nichtinformatiker den bekannten Ausspruch von Shakespeares Hamlet: „To be or not to be“. Im Beitragsbild bewegt sich ein Kohlendioxidmolekül genau der Art wie der geneigte Leser es in diesem Augenblick ausatmet. Newsy titelte in seinem Videobeitrag am 29.09.2016:

Earth’s Carbon Dioxide Levels May Have Passed The Point Of No Return

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Mit der Genschere unterwegs

Auf 3Sat lief unter „Das Geheimis der Gene“ vom 7.4.bis 14.4.2016 eine Reihe von Beiträgen zur Verwendung der neuen CRISPR/Cas9-Technik und ihren möglichen Auswirkungen mit Blick auf die Pflanzenzucht und aber auch in der Medizin und im Makerspace. Bedauerlich schlicht zuweilen im Niveau vermitteln die Beiträge ein Gefühl zwischen Ablehung und Neugier, Makerspaceluft und eine Ahnung vom Weg in ein sehr langes irdisches Leben.

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Ebola ist näher als vermutet

In ihrem Aufsatz „Conserved differences in protein sequence determine the human pathogenicity of Ebolaviruses“ beschreiben Morena Pappalardo et. al. die nahe Verwandschaft des Ebola-Virus‘ zur Ebola-Familie, die zum Beispiel auch das Reston-Virus umfasst, das Hausschweine in Asien befällt und dort gelegentlich auf den Menschen übergeht. Die Zeitschrift „Nature“ veröffentlicht den ganzen Artikel unter:

  • Scientific Reports 6, Article number: 23743 (2016)
  • doi:10.1038/srep23743

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Freies Buch über Chemie und Biologie von Nukleinsäuren

ATDBIO_BookAtdbio bietet die Synthese qualitativ hochwertiger Oligonucleotide und Oligoderivate für Wissenschaft und Forschung weltweit her. Zur Erläuterung ihres Angebotes hat die Firma Informationen in Form eines freien Buches und weiterer Infos im Internet zur Verfügung gestellt.

http://www.atdbio.com/nucleic-acids-book

http://www.atdbio.com/content/53/DNA-duplex-stability

Lassa, Ebola, Zika, AIDS – Wer hustet stirbt?

Aptamer_biotinDer nächste Ausbruch einer Seuche ist sicher. Wir wissen nur noch nicht wann und von welcher Seite Gefahr droht. Die Biologie und Biotechnik kennt eine Menge Möglichkeiten zum Schutz und zur Bekämpfung. Der Umgang mit hochinfektiösem Biomaterial ist darum unerlässlich. Nur Kompetenz und Forschung schützen vor Infektion oder helfen bei der Bekämpfung / Eindämmung von Infektionen. Die Abbildung stellt ein Aptamer gegen Biotin dar und ist aus der englischen Wikipedia entnommen. CC BY-SA 3.0

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Erprobte Labormethoden für den Unterricht (und den Makerspace)

Ableweb_orgDie „ASSOCIATION FOR BIOLOGY LABORATORY EDUCATION“ existiert schon seit den 80ern des letzten Jahrtausends. Regelmäßig veröffentlicht sie in ihren „Tested Studies for Laboratory Teaching“ Zusammenfassungen und Berichte ihrer Workshops. Der letzte Bericht trägt die Nummer 35 und wurde im Rahmen des Workshops 2013 zusammengetragen.

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Pflanzenzellkulturanleitung für Entwicklungsländer

Die internationale Atom- & Energieagentur stellt unter ihren Publikationen Bücher und Anleitungen zur Verfügung.

IAEA_BooksDas TECDOC-1384 beschreibt „Low cost options for tissue culture technology in developing countries“ damit liegt es inhaltlich fast auf der Linie von Makerspaces.

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Freie Gel-Analyse

Gel_Analyzer_DesktopDie Auswertung von Elektrophoresegelen kann sooo einfach sein!

Mit der freien Software GelAnalyzer2010, zu finden unter www.gelanalzer.com, benötigt man ein digitales Bild seines Gels in einem üblichen Datenformat, lädt es in das Programm und beginnt mit der Auswertung. Nach der Definition der Marker und des Start und Endpunktes braucht eigentlich nur noch die interessierende Spur markiert zu werden. Neben der Auswertung nach der Molekülgröße beherrscht das Programm auch die quantitative Auswertung.

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Machertagbericht Dezember 2015

AZimtsternSternstunden am Machertag

Der zweite Samstag eines Monats ist Machertag in der Tecehnik-Garage. So war es auch im Dezember.

Schon der Morgen fing gut an. Dank der freundlichen Hilfe von Felixprinters ist es nun möglich, das Druckbett unserer Felicitas (Felix 3.0 mit Hardware-Upgrade auf Felix 3.1) in nur 15 Minuten von 18 auf stabile 100°C aufzuheizen. Die Isolation an der Heizbettunterseite spart zugleich eine Menge Energie.

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Laserpinzette und Traktorstrahl

Auf der Suche nach dem, was Biohacking / Biotechnik heute bedeutet, stößt man immer wieder auf den Namen „Rüdiger Trojok“. Zur Zeit ist er in Berlin und hat dort einen Verein gegründet. Den Anspruch, im August 2014 den ersten DIY-Biologieverein in Deutschland gegründet zu haben, mag man nicht unbedingt teilen (die Technik-Garage befasst sich ebenfalls mit diesem Thema und ist schon einige Monate älter), aber sei ’s drum: Der Name „Trojok“ fällt wieder und es ist Zeit, sich den Menschen anzusehen.

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